W Wielką Sobotę, 30 marca 2013 r. przez cały dzień trwała adoracja przy grobie Pana Jezusa. W kościele wyłożone były kosze, do których można było składać dary żywnościowe na śniadanie wielkanocne dla bezdomnych i ubogich organizowane w Gdańsku-Wrzeszczu przez duszpasterstwo akademickie oraz skarbonki z jałmużną wielkopostną. Od godz. 11:00 do godz. 17:00 co pół godziny święcone były pokarmy na śniadanie wielkanocne. O godz. 19:00 rozpoczęła się Wigilia Paschalna. Pierwszym jej elementem było święcenie ognia. Następnie od ogniska zapalono paschał, który został wniesiony do ciemnego kościoła, po czym księża oraz ministranci podali ogień wiernym. Kolejną częścią Wigilii Paschalnej była rozbudowana Liturgia Słowa. Po kazaniu rozpoczęła się Liturgia Chrzcielna. Po poświęceniu wody po raz drugi ministranci podali ogień wiernym, by przy zapalonych świecach odnowić przyrzeczenia chrzcielne. Ostatnim elementem Wigilii Paschalnej była Komunia Św.